Το τμήμα Άρσης Βαρών είναι από τα πρώτα που ιδρύθηκαν στον Α.Ο. Χανίων «Ο Κύδων» το 1963 και το 1972 ο Κύδωνας ήταν ιδρυτικό μέλος της Ελληνικής Ομοσπονδίας Άρσης Βαρών. Οι αθλητές της Άρσης Βαρών έχουν σημειώσει εντυπωσιακά αποτελέσματα. Αθλητές του συλλόγου έχουν κερδίσει Πανελλήνια Πρωταθλήματα κι έχουν συμμετάσχει σε Ολυμπιάδες