Το Σκακιστικό Τμήμα του Κύδωνα, δημιουργήθηκε το 1982, και έχει σημειώσει πολλές και σημαντικές επιτυχίες σε ομαδικό και ατομικό επίπεδο.
Είναι ο σύλλογος που έχει προσφέρει στον χανιώτικο αθλητισμό (συμπεριλαμβανομένων όλων των αθλημάτων) τις περισσότερες και μεγαλύτερες διακρίσεις, οι οποίες τον έχουν κατατάξει σε έναν από τους μεγαλύτερους συλλόγους σκακιού της Ελλάδος.
Οι κορυφαίες επιτυχίες μας σε ομαδικό επίπεδο είναι:
- Πρωταθλητής Ελλάδος στην Α΄Εθνική για έξι χρόνια 2000, 2001, 2002, 2003,2004,2006.
- Κυπελλούχος Ελλάδος επί πέντε χρόνια 2000, 2001, 2002, 2003, 2006.
- Πρωταθλητής Ελλάδος Εφήβων δύο χρονιές το 2005 και το 2006.
- Πρωταθλητής Ελλάδος Γυναικών το 1997.
- Πρωταθλητής Ελλάδος Παμπαίδων το 1996, 1997 και 1998.
Σημαντικές είναι και οι επιτυχίες των αθλητών/τριών του Α.Ο. Κύδων σε ατομικό επίπεδο.
Η μεγαλύτερη επιτυχία ήταν η κατάκτηση του Παγκόσμιου Πρωταθλήματος Νεανίδων το 1999 από την Μαρία Κουβάτσου. Επίσης έχουν διατελέσει αθλητές του συλλόγου μας οι πρωταθλητές Ελλάδος, Γιάννης Παπαϊωάννου (1997, 1998, 1999), Στράτος Γρίβα (1983, 1996), Χριστόδουλος Μπανίκας (2000, 2001, 2002, 2003,2004,2005,2008,2009).
Επί πλέον η Μαρία Κουβάτσου κατέκτησε και το Πανελλήνιο Πρωτάθλημα Γυναικών το 2000. Η πρωταθλήτρια μας Κατερίνα Παυλίδου έχει κατακτήσει τα πρωταθλήματα γυναικών το 2012, 2013 και 2015.
Πολλοί αθλητές/ τριες του συλλόγου μας έχουν διατελέσει βασικά στελέχη των εθνικών μας ομάδων και έχουν λάβει μέρος με τα εθνικά μας χρώματα σε πολλούς διεθνείς αγώνες, πρωταθλήματα και ολυμπιάδες.
Επίσης οι νεαροί αθλητές/τριες του συλλόγου μας έχουν επιτύχει σημαντικές διακρίσεις στα Πανελλήνια Νεανικά Πρωταθλήματα καθώς επίσης και πολύ αξιόλογη παρουσία σε διεθνείς διοργανώσεις.
Διοργανώσεις:
Ο Α.Ο. Κύδων-Σκάκι πρωταγωνιστεί και στον χώρο των διοργανώσεων, έχοντας διοργανώσει 11 Διεθνή Τουρνουά «Μάχη της Κρήτης», αλλά και μεγάλες επίσημες διοργανώσεις, όπως τα Ευρωπαϊκά Κύπελλα Πρωταθλητριών Ομάδων 2001 & 2003, Ευρωπαϊκά Πρωταθλήματα Rapid & Blitz 2002. Διοργανώνει κάθε χρόνο στον Πλάτανιά το διεθνές τουρνουά σκακιού «Ε.ΚΡΟΜΜΥΔΑΚΗΣ».
Επίσης, έχει προσκαλέσει και φέρει στην Κρήτη μεγάλους σκακιστές, όπως ο μεγαλύτερος σκακιστής όλων των εποχών, Γκάρυ Κασπάροβ, η Παγκόσμια Πρωταθλήτρια Γυναικών, Ζου Τσεν, κ.α.
Τέλος, έχει αναλάβει την διοργάνωση, από την Ένωση Μεσογειακών Χώρων (MCA) του Μεσογειακού Πρωταθλήματος Νέων-Νεανίδων U-20, τα έτη 2010, 2011, 2012 και 2013, 2016 και τα πρωταθλήματα νεανικών κατηγοριών Μεσογείου το 2017.